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南开大学环境科学与工程学院是中国综合性大学最早成立的环境科学系，1983年从南开大学化学院分离出来，，戴树桂教授任系主任。并于1984年成为环境科学系。1998年成立环境科学与工程学院。现任院长为国家杰出青年科学基金获得者周启星教授。

学院已培养出千余名毕业生，他们大多从事国家环境保护的科研、教学和管理工作，并发挥了重要的作用。在国外留学的学生中有3人获得了美国环境化学优秀研究生称号。1995年6月，国家环保局、国家教委授予学院“环境教育先进集体”光荣称号。

学院2000年首批成为环境科学与工程一级学科博士/硕士学位授权点单位，并拥有环境科学与工程博士后流动站。在历次国家一级学科评估中名列前茅。2001年环境科学专业被教育部批准为国家重点学科，成为我国4个环境科学国家重点学科之一；2007年再次被评为环境科学国家重点学科。2006年环境科学与工程学科被天津市认定为一级重点学科，2012年再次被批准为天津市一级重点学科。一直以来，南开大学环境学科不仅连续担任国务院学位委员会环境科学与工程学科评议组召集人或成员，也是教育部高等学校环境科学与工程教学指导委员会副主任或成员单位以及环境科学类专业教学指导分委员会主任或副主任单位，对我国环境学科的创建与发展发挥了重要作用。

由于环境科学国家重点学科的带动作用，学院学科建设取得显著进展，一批交叉和新型学科迅速成长并得到发展。生态学2011年成为经调整后首批一级学科博士学位授权点，2012年又被教育部批准设立生态学博士后首批流动站，并被天津市批准为首批一级重点学科。安全科学与工程目前是一级学科硕士学位授权点。资源循环科学与工程学科率先在国内进行建设，并于2011年开始招收本科生。